@KyoheiSaiki んー、タンパク質をインスタンスとすると、それが作られるのはビルド時ではなく実行時なので、ちょっと違うかな。。(Javaで考えた場合)
Javaで考えるなら、アナロジーの対象を、ソースコードから実行用バイナリ(Javaでいうとランタイム+それに食わせるClassファイル)までとするのか、それよりもうちょっと上のレイヤー(いわゆる継承とか)に対して適用するのか、で変わってくるかな。。
あとオブジェクト指向プログラミングにおける「継承」って正直微妙でしたね。。っていうのが世の中的な結論のような気がする(かなり私見)ので、継承を軸に話をすすめると若干の微妙感が漂うかもしれない。わからんけどw